主な原因として考えられているのは、不良姿勢（前傾姿勢や猫背）を長い時間取り続けることで頭を支える首周りの筋肉が過度に緊張して起こるもの。また長時間同じ姿勢を取り続ける、冷房に長い時間当たり続けるなどです。どちらも頸部周辺の筋肉の血流不良を起こす原因となっています。その血流不良によって筋肉内の疲労物質が適切に筋肉の外に排出されず蓄積し、それらが原因となって筋肉にだるさや痛みがでるという仕組みです。初期症状としては肩周りや腕の重くだるい感じが出てきますが、長期間放置し慢性化すると痛みに変化します。最終的には緊張性頭痛や上肢、顔面にかけての関連痛が出現することもあります。

肩こりは症状として現れるものであり、他の疾患との鑑別も重要になります。たとえば頸部椎間板ヘルニアなどです。この疾患は首の骨の疾患であり、肩こりと同様の症状が出ることがあります。この疾患の場合、適切な施術をしないと麻痺を残す可能性もある為注意が必要です。レントゲンやＣＴ、ＭＲＩを用いて頸椎に疾患がないかを鑑別します。ほとんどの場合、いわゆる「肩こり」とは違い、両前腕に痺れや痛みなどの麻痺が出ることがほとんどです。ですが頸椎ヘルニアの初期では肩こりと間違われることも多いため、痛みが続く場合は一度専門医を受診する必要があります。

肩の凝りなどの症状の施術に関しては、湿布や塗り薬などの投薬療法を用いることが一般的です。それと並行して理学療法（マッサージやストレッチ、関節可動域の訓練）などを実施して筋緊張の改善をめざしていきます。
しかし、肩こりを引き起こす原因である不良姿勢などの生活習慣を改善していかなければ根本的な解決には至りません。痛みに対しての処置をするだけでなく、その根本を改善しなければ、施術を終了した後にまた肩こりに悩むことになってしまいます。

肩こり以外にも腰痛など色々な痛みに言えますが、ただ痛みをとるだけではそれは症状を隠しただけであり根本的な解決には至りません。たかが肩こりと思いますが、その原因には様々な生活習慣での体のゆがみや仕事の環境などがあり、その人それぞれ原因は違うということです。